Schon 1623 wurde Herzog Maximilian I. von Bayern von Kaiser Ferdinand mit der eingezogenen pfälzischen Kurwürde auf Lebenszeit bedacht und dann als Verwalter der Oberpfalz eingesetzt. 1628 gelang es dem bayrischen Haus Wittelsbach, die Erblichkeit der Belehnung mit der Kurwürde zugesprochen zu bekommen und mit dem Fürstentum der Oberpfalz für die Kriegskosten entschädigt zu werden.
Auf Fuchsmühl saß zu dieser Zeit Stefan Ulrich von Trautenberg, der jüngste Bruder von Sigmund Abraham. Er war kurz nach der bayrischen Übernahme der Oberpfalz schon vom neuen Kurfürsten Maximilian, aufgrund eines Teilungsvertrages innerhalb der Familie, mit dem Gut belehnt worden. Stefan Ulrich war wie alle Familienmitglieder protestantisch und lehnte die ab 1628 durchgeführten Maßnahmen zur Gegenreformation sicherlich ab.
Am 27. April 1628 erging auf Veranlassung des Kurfürsten das sogenannte Religionspatent, das die Einwohner vor die Wahl stellte, entweder katholisch zu werden, oder mit Frau und Kindern das Land bis zum 01.Oktober 1628 zu verlassen. Für die Landsassen wurde die Frist noch bis zum Jahresende verlängert. 1630 änderte sich die Großwetterlage, die zu dieser Zeit günstig für die katholische Union stand, mit der Landung des Schwedenkönigs Gustav Adolf am 6. Juli schlagartig. Binnen eines Jahres standen die Schweden am Main. Die verbündeten Sachsen trennten sich von der protestantischen Hauptstreitmacht und drangen in Böhmen ein. Am 15. November nahmen sie Prag ein, am 13. Dezember fiel Eger in einem Handstreich, der von dem sächsischen Rittmeister Diesel angeführt wurde. Von einigen Zwischenfällen abgesehen, verhielten sich die sächsischen Truppen gegenüber der einheimischen Bevölkerung nicht gewalttätig. Dadurch häuften sich auch die Fälle, bei denen Bewohner der Städte und Dörfer in unserem Raum mit den Sachsen kollaborierten, wie beispielsweise in Mitterteich. Man muß den hier ansässigen Menschen eine deutliche Sympathie für die protestantische Sache zusprechen. Die gleichen Motive mußten auch Stefan Ulrich von Trautenberg bewogen haben, sich im Jahr 1632 dem schon genannten Rittmeister Diesel, bei einem seiner Streifzüge anzuschließen. Mit einer Täuschung überredet der Trautenberger die Kemnather Bürger ihm das Tor zu öffnen. Nach einer nur sehr kurzen Besatzungszeit traten Diesel und Stefan Ulrich von Trautenberg wieder den Rückzug an, weil eine größere gegnerische Streitmacht auf den Weg nach Kemnath war. Die ganze Aktion hatte aber sehr drastische Konsequenzen für den Hofmarksherrn von Fuchsmühl. In den Akten der eingesetzten Untersuchungskommission heißt es, er (Stefan Ulrich von Trautenberg) sei „dieses Spiels vornembster Rädelsführer und Vordanzer gewest“. Trautenberg floh ins nahe Ausland, Fuchsmühl wurde ihm abgenommen und zuerst an den bayrischen Obristen Johann Philipp Cratz, Graf zu Scharffenstein, Freiherr von Riesenberg gegeben, nach dessen Verrat wurde diesem das Gut wieder entzogen und danach der ebenfalls bayrische Obrist Caspar S[ch]netter mit Fuchsmühl belehnt.
Im Jahr 1637 erwirkten die Geschwister von Stefan Ulrich von Trautenberg nach längjährigen Bemühungen beim Kurfürsten die Rückgabe von Fuchsmühl. Er wurde amnestiert und wieder in seine alten Rechte eingesetzt. Stefan Ulrich von Trautenberg kehrte nach Fuchsmühl zurück und blieb hier die restlichen, auch oft schrecklichen Kriegsjahre wohnen. Am 3. Juni 1644 kamen Soldaten der Armee Gallas zum Plündern nach Fuchsmühl, fanden aber nichts, weil die Bauern ihr Vieh ins Schloss geflüchtet hatten. Beim nun folgenden Angriff auf das Schloss schossen sie Stefan Ulrich durch den Arm, zogen aber ab, als einer von ihnen erschossen und mehrere verwundet wurden. Zwei Jahre nach dem Westfälischen Frieden starb Stefan Ulrich Anfang Februar 1650 in Fuchsmühl, am 12. Februar wurde er in der Wiesauer Kirche beigesetzt.
Das Lehengut Fuchsmühl vererbte sich nun auf den Bruder Hans Andreas, dessen Sohn Georg Rudolph von Trautenberg und weiteren unmündigen Geschwistern. 1654 kaufte Georg Rudolph alle restlichen Anteile von Fuchsmühl von seine Angehörigen. Schon vier Jahre später veräußerte er es wieder per Vertrag vom 20. Januar 1658 an Jörg Christoph Daniel (Donikl) von Froschhammer. Damit endete die jahrhundertealte Geschichte der Trautenberger in der Oberpfalz, die Aktivitäten des Geschlechts beschränkten sich nunmehr ausschließlich auf Böhmen bzw. Österreich.

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